Okulların müfredatı bir yandan dini ilmi gelenekler olan Arapça, siyer, hadis, tefsir, fıkıh, kelam ve bunların usullerinin bir kısmını ders olarak bünyesinde taşımaktadır. Diğer yandan ise Fen, Matematik gibi pozitif bilimleri ve edebiyat, tarih, coğrafya ve yabancı dil gibi kültür derslerini bünyesinde taşımaktadır. Bu program dönemin şartlarında faydalı ve önemli idi. Bugün ise revizyonu gerekmektedir. Çünkü dünya ve Türkiye'deki dönüşümler, internet, sosyal medya ve bilgi teknolojilerindeki gelişmeler, öğrenci ve ailelerin bu okullardan beklentilerinin değişmesi, bu okullara gelen öğrencilerin kapasitelerindeki büyük farklılıklar ve benzer sebepler müfredat değişimini, farklı kariyer yollarını mümkün kılan esnek eğitim programların geliştirilmesini ve sadeleştirilmesini bir zorunluluk haline getirmiştir.